Trong thời gian gần đây người dân địa phương tại các xã Trí Bình, Hoà Hội và Hoà Thạnh, huyện Châu Thành dùng dây thừng giăng ngang đoạn sông để chặn không cho lục bình di chuyển theo con nước làm cho lục bình bị dồn chặt tại khu vực cầu Bến Sỏi. Do số lượng lục bình bị chặn lại quá lớn nên lượng ôxy hoà tan trong nước thấp khiến cá tại khu vực này bị ngộp và nổi đầu. Xác cá bị phân huỷ dưới sông càng làm tăng ô nhiễm, mùi bùn bốc lên hôi thối (đặc biệt là khoảng thời gian từ 15 -17h).

Để bảo vệ nước sông Vàm Cỏ Đông và rạch Tây Ninh, Sở Tài nguyên và Môi trường đã triển khai Kế hoạch số 2803/KH-STNMT ngày 05/11/2013 về việc bảo vệ môi trường nước rạch Tây Ninh, sông Vàm Cỏ Đông cuối mùa mưa năm 2013, kết quả đã phát hiện 10 cơ sở xả nước thải chưa xử lý đạt quy chuẩn ra môi trường, Sở Tài nguyên và Môi trường đã lập Biên bản vi phạm hành chính và ra Quyết định xử phạt trong lĩnh vực bảo vệ môi trường với tổng số tiền là 357.250.000 đồng. Từ công tác triển khai Kế hoạch số 2803/KH-STNMT đến nay hiện tượng cá chết trên sông rạch do xả thải đã không còn, một số loài thủy sản có giá trị đã phát triển trở lại như: tôm càng xanh, cá lăng, cá leo... Nhằm tăng cường kiểm soát các cơ sở sản xuất có nguồn xả thải vào sông Vàm Cỏ Đông và rạch Tây Ninh, Sở Tài nguyên và Môi trường đang tiếp tục triển khai Kế hoạch số 471/KH-STNMT ngày 12/02/2014 về việc bảo vệ môi trường nước sông Vàm Cỏ Đông và rạch Tây Ninh trong mùa khô năm 2014 để ngăn chặn và xử lý kịp thời đối với các cơ sở có hành vi xả nước thải gây ô nhiễm nguồn nước./.